Sveti Franjo, iscrpljen bolestima i pokorom, obilježen Kristovim ranama, smjerno očekuje smrt. Nalazi snagu i raširenih ruku kliče: „Dobro mi došla, sestro moja smrti!“ Traži od braće da ga prenesu u Porcijunkulu. Ondje zamoli da mu iz Ivanova Evanđelja (Iv 13, 1-15) pročitaju Isusov oproštajni govor i izvješće o pranju nogu. Braća mu pjevaju „Pjesmu stvorova“ te i on s njima otpjeva psalam 142. I Franjo preminu navečer 3. listopada 1226., u dobi od 44 godine. Ostade do danas među braćom sjećanje njegovog prijelaza k Ocu na nebo, te ga iznova i na njegov način obredom svake godine obnavljaju.
Takao je, kao i svake godine, 3. listopada 2018. u franjevačkom samostanu o. fra Ante Antića na Trsteniku u Splitu, proslavljen zadnji dan trodnevnice uoči svetkovine sv. Franje i Tranzitus – Obred preminuća, kojega je nakon pjevane večernje predvodio fra Domagoj Runje, gvardijan.
Obred je započeo pjevanjem antifone „Salve Sancte Pater“, čitanjem Izviješća sv. Bonaventure o preminuću svetoga našeg oca Franje, te evanđelja (Iv 13,1-17), kojega su ostali slušali držeći u rukama upaljene svijeće. Nakon čitanja Evanđelja, predsjedatelj slavlja pozvao je nazočne da zajedno ispjevaju psalam Glasom svojim Gospodinu vapijem“ (Ps 142) što ga je sveti otac Franjo pjevao prije nego se preselio Gospodinu. Nakon ispjevane antifone „O presveta dušo“, fra Šimun Markulin održao je homiliju koju donosimo u cijelosti:
"Braćo i sestre, večeras smo ujedinjeni s cijelom franjevačkom obitelji i ponizno se spominjemo preminuća svetog našeg oca Franje, koji je umro u Porcijunkuli, u subotu, poslije zalaska Sunca, dana trećega mjeseca listopada godine Gospodnje 1226. Nakon gotovo 8 stoljeća, i večeras u našoj crkvi izvršavamo nalog brata Ilije, na kojeg ono serafski Otac nekoliko dana prije svoje smrti bijaše položio svoju desnicu i u dvoru asiškog biskupa „u svemu ga i zauvijek blagoslovio“. U svojoj okružnici Ilija nalaže svoj braći da se „sjećaju oca i brata našeg Franje na hvalu i slavu“.
Čas Franjine smrti zauzima osobito mjesto u našem sjećanju. No, osim što se spominjemo smrti sveca i našega utemeljitelja, živo uprisutnjujemo i jedan važan trenutak koji je pratio asiškog Siromaška u zadnjim danima njegova života. I površnom čitaču izvještajâ o tim danima zapinje za oko Franjina ustrajnost blagoslivljanja, želja da blagoslovi svakog brata osobno, i nazočnog i odsutnog. I dok su ga smrtno bolesnog spuštali iz Asiza u toliko mu dragu Porcijunkulu, zaželje negdje na pola puta da okrenu postelju na kojoj bijaše položen i da zadnji put blagoslovi svoj rodni grad, voljene Asižane, sve stanovnike: i muževe, i žene, i očeve, i majke, i stare, i mlade, i zdrave, i bolesne. Konačno je stigao do crkve koju je rado nazivao Sveta Marija Anđeoska, do mjesta gdje je rođen Franjevački red i za koje je htio da se uvijek čuva u poniznosti i najvećem siromaštvu kao ogledalo redovništva. I na tom svetom tlu, prije negoli je njegova duša „utonula u ponor ljubavi Božje“, okuplja braću i blagoslivlje ih snagom i imenom Propetoga Gospodina Isusa Krista.
I mi smo večeras dionici Franjinog blagoslova. Kao da ga i večeras vidimo kako uzdiže svoju desnicu na blagoslov i nad nama zaziva Božje milosrđe. Nad nama, nad našim obiteljima, prijateljima i susjedima, nad cijelim svijetom. Otvaramo svoja srca, vrata naših života, i želimo biti istinski nasljedovatelji brata Franje. Želim pretvoriti svoj život u blagoslivljanje ljudi s kojima živim, ali i onih koji su mi daleko ili koje ne poznajem; ljudi s kojima radim i studiram, ali i onih kojih nemaju posla ili krova nad glavom; ljudi s kojima dijelim ista mišljenja, ali i onih čija su mišljenja različita od mojega. I tako iz dana u dan podižem svoju desnicu na blagoslov, na susret, na zajedništvo, na ljubav.
Sveti oče Franjo, pomozi meni i mojoj braći i sestrama da mi se desnica ne podiže protiv drugih ljudi, protiv svijeta ili protiv Boga. Daj mi večeras milost da to bude desnica blagoslivljanja, a ne desnica koja će upirati prstom u drugoga, ma tko god on bio – muž ili žena, otac ili majka, sin ili kći, fratar ili svećenik, susjed ili susjeda… Desnica koja blagoslivlje toliko je potrebna u našim obiteljima i u našoj domovini. Budi mi ti, oče Franjo, uzor desnice koja pruža pomoć i zaštitu, koja grli i štiti, koja gradi i podiže. Desnice koja blagoslivlje i koja se sama pretvara u blagoslov. Večeras svoju desnicu na osobit način pružamo mladima, jer ih ne želimo prepustiti „rukama mnogobrojnih trgovaca smrti koji ih ugnjetavaju u životu i zatamnjuju im pogled“, kako reče prije nekoliko sati papa Franjo na otvorenju Biskupske sinode posvećene mladima. Vjerujem da ova zajednica i ova braća to poslanje posebno izvršavaju na fakultetu, mjestu gdje su toliki mladi potrebni ispružene desnice, spremne pomoći na putu odgoja i obrazovanja.
Serafski oče, spominjući se tvoje blažene smrti, stavljamo svoje ruke u tvoje očinske ruke, povjeravamo ti svoje – ponekad – slabe, drhtave i neodlučne desnice. Pohiti nam u pomoć svojim blagoslovom, da moja desnica postane tvoja desnica, da moja desnica postane Kristova desnica. Amen".
Nakon homilije, pročitanog izviješća brata Ilije o smrti svetog Franje te vjerničke molitve obred preminuća završio je iskazivanjem časti relikvijama sv. Franje. Za vrijeme iskazivanja časti relikvijama zbor bogoslova je pjevao „Pjesmu stvorova“.